关于鱼菜共生的一个普遍误解是它是一个完整的生态系统。尽管它具有高度可持续性，但大多数商业鱼菜共生系统都需要补充营养才能成功。鼓励种植者在其水源中补充螯合的铁，碳酸钙或碳酸钾和一些微量营养素，以控制pH值。新型鱼菜共生此外，鱼会产生大量的氨，当氨含量过高时，氨会致命。每周使用测试套件检查氨水平，以确保水中的氨含量低而硝酸盐含量高。鱼菜共生系统水箱中过量的氨应稀释，除去或转化。然后，养殖者应力争保持高水平的溶解氧以避免生病的鱼。氧气罐和气泵将保持溶解氧水平升高并防止海湾出没。

田园综合体、特色城镇等在构建产业链时以高新技术园区，休闲农业园区为代表，综合引进国内外先进的智能温室与栽培技术、栽培理念，同时兼顾生态乡村旅游产业的指导发展。现在，很多农业园区除了传统种养殖业外，为提升园区科技含量，还特别建设了高科技智能温室，新型鱼菜共生作为展示园区形象、园区产业、科技水平、文化特色等的观光展示温室，即我们常说的温室观光园，鱼菜共生系统根据其功能不同又分为高科技农业展示温室、花卉景观温室、蔬菜景观温室、农耕文化展示等景观型温室，其主要作用是科普展示、教育实践、旅游观光等，将其作为整个农业园区的亮化点睛之笔。

氮素主要以硝酸盐的形式供应给水培植物，通过细菌硝化作用从鱼类废物的氨转化而来。 其他一些营养物质溶解在鱼废弃物中的水中，但大多数营养物质仍处于植物无法获得的固态。 固体鱼废物被异养细菌分解; 这一行动将必需的营养物质释放到水中。 新型鱼菜共生确保植物不遭受缺陷的好方法是保持好的水体pH值（6-7）并为鱼类提供平衡和完整的食物，并利用饲料比率来平衡鱼类对植物的摄食量。鱼菜共生系统然而，随着时间的推移，即使是平衡的水培养系统也可能缺乏某些营养素，常见的是铁钾或钙。这些营养素的缺乏是鱼饲料成分的结果。

鱼菜共生是一种新型的复合耕作体系，它把水产养殖与水耕栽培这两种原本都不同的农耕技术，通过巧妙的生态设计，达到科学的协同共生，从而实现养鱼不换水而无水质忧患，种菜不施肥而正常成长的生态共生效应。新型鱼菜共生在传统的水产养殖中，随着鱼的排泄物积累，水体的氨氮增加，毒性逐步增大。而在鱼菜共生系统中，水产养殖的水被输送到水培栽培系统，由细菌将水中的氨氮分解成亚硝酸盐然后被硝化细菌分解成硝酸盐，硝酸盐可以直接被植物作为营养吸收利用。鱼菜共生系统鱼菜共生让动物、植物、微生物三者之间达到一种和谐的生态平衡关系，是可持续循环型零排放的低碳生产模式，也是有效解决农业生态危机的有效方法。