鱼菜共生是一种新型的复合耕作体系，它把水产养殖与水耕栽培这两种原本都不同的农耕技术，通过巧妙的生态设计，达到科学的协同共生，从而实现养鱼不换水而无水质忧患，种菜不施肥而正常成长的生态共生效应。新型植物工厂在传统的水产养殖中，随着鱼的排泄物积累，水体的氨氮增加，毒性逐步增大。而在鱼菜共生系统中，水产养殖的水被输送到水培栽培系统，由细菌将水中的氨氮分解成亚硝酸盐然后被硝化细菌分解成硝酸盐，硝酸盐可以直接被植物作为营养吸收利用。植物工厂技术鱼菜共生让动物、植物、微生物三者之间达到一种和谐的生态平衡关系，是可持续循环型零排放的低碳生产模式，也是有效解决农业生态危机的有效方法。

它有别于传统的水产养殖，不存在水污染，所以不需要经常大范围地换水。系统本身是一个闭环的生产系统，系统中的水除了蒸发之外，不存在别的耗损情况。又因为水在整个系统中形成了自循环，不需要一直更换水，水的利用率达到了 90%以上。新型植物工厂养鱼池在大棚中，白天水池可以蓄积来自太阳光的能量，晚间释放出来。所以，鱼菜共生大棚中，白天比普通大棚凉爽，晚上又比普通大棚温暖，形成了一个微型的海洋性气候，节约大量加温大棚所需的能源，节约了大量电力消耗。植物工厂技术鱼菜共生系统的建立，可以大大缓解用地困境，因为整个的生产过程对土地的依赖非常小，不需要占用过多的土地，节约用地，同时，也可以避免很多的土生病。因此，鱼菜共生系统是一个节水、节电和节约土地的生产系统。

作为养殖渔业，该模式被许多渔业产业化龙头企业运用。按照国家制定的有关标准和要求，该模式生产的出来的水产品大都属于绿色水产品和有机蔬菜，它突出的是产品品质和特性，都是地理标志产品特点，是水产品中的珍品，获得消费者青睐，而且还能给生产者带来大的回报。新型植物工厂该类企业实施的品牌发展战略，它按照公司+渔农户这一产业化模式组织生产，为辐射带动更多的渔农户发展鱼菜共生，它们先在其养殖基地办点示范，诸如优选场地，植物工厂技术营造生产设施，优选养殖鱼类和栽培蔬菜品种，制定养殖技术标准和生产流程，在经济效益导向下，许多渔农户也尝试运用该模式发展渔业和蔬菜生产。目前，该类模式占60%。

生态餐厅是近几年发展起来的一个新兴产业，然而目前国内大部分生态餐厅都处在行业发展的初期，对生态餐厅内涵的理解还比较模糊，部分餐厅仅仅停留在概念炒作的层面上，与传统餐厅不同之处仅仅是建在温室内，多了一些景观植物而已。新型植物工厂生态温室餐厅是将现代设施农业和绿色餐饮结合的产物，以人为本、餐饮为主、景观为为辅的一种大型温室类建筑，把温室的轻巧、便捷、明朗的特点与建筑的多功能性融为一体，植物工厂技术餐厅有充满绿色的自然环境，把大自然丰富多彩的生态景观“微缩化”和“艺术化”。

氮素主要以硝酸盐的形式供应给水培植物，通过细菌硝化作用从鱼类废物的氨转化而来。 其他一些营养物质溶解在鱼废弃物中的水中，但大多数营养物质仍处于植物无法获得的固态。 固体鱼废物被异养细菌分解; 这一行动将必需的营养物质释放到水中。 新型植物工厂确保植物不遭受缺陷的好方法是保持好的水体pH值（6-7）并为鱼类提供平衡和完整的食物，并利用饲料比率来平衡鱼类对植物的摄食量。植物工厂技术然而，随着时间的推移，即使是平衡的水培养系统也可能缺乏某些营养素，常见的是铁钾或钙。这些营养素的缺乏是鱼饲料成分的结果。

鱼菜共生有三种不同的养殖模式：深水养殖（DWC），营养膜技术（NFT）和培养基床。在DWC系统中，将农作物种植在漂浮在富含营养的水之上的泡沫筏中，并在固体废物到达植物之前将其过滤掉。新型植物工厂使用NFT，缓慢移动的水会汇入狭窄的通道，然后循环回到鱼缸。过滤设备用于清理生物废物中的水，然后将其再循环。植物工厂技术DWC和NFT通常在商业环境中使用。培养基床只是装满多孔岩石（通常是粘土颗粒）的容器，鱼缸中的水被泵入容器中。可以连续抽水，也可以通过注满水和排干容器来抽水。泄洪方法（也称为潮起潮落）易于维护。