鱼菜共生的基本原理是水产养殖的水经过初步过滤后，被输送到植物栽培系统，由栽培系统中的硝化细菌将水中的氨氮分解及亚硝酸盐分解成硝酸盐，硝酸盐可以直接被植物作为营养吸收利用。新型水培蔬菜种植而植物根系又有很强的吸收和过滤能力，水流过植物栽培系统后就相当于经过了净化，再流回水产养殖系统，这样形成一个共生的循环，只用向水产养殖系统定期定量投放饲料，水培蔬菜种植系统定期补充蒸发消耗的水分，整改系统就能长期稳定的运行下去，从而实现“种菜不施肥，养鱼不换水”，种养健康无公害。

鱼菜共生就是让动物、植物、微生物三者之间达到一种和谐的生态平衡关系，鱼菜共生的出现给那些无法获得耕地和水的人来说那就是雪中送炭。新型水培蔬菜种植鱼菜共生系统经济价值非常高。鱼菜共生中的水被回收，哪怕在干旱季节也可以生产农作物，使用鱼菜共生模式有很多令人兴奋的好处，例如提高用水效率，无需土壤，生长更快和降低病虫害。水培蔬菜种植系统鱼菜共生不受自然环境的侵蚀，所以是一项可以长期经营的事业，还可以提高生长空间和利润，无论种植者身在何处，高产量和低运营成本的结合都是使利益大化的秘诀。

在政策层面上，各级政府渔业主管部门都将该模式作为渔业发展新的增长点和渔农增收点培育，以财政专项资金扶持一批渔业产业化龙头企业，让它们结合自己的生产经营开展该模式的研发、试验和示范，总结产品标准，推广养殖技术和操作规范，以品牌为先导，运用公司+渔农户这一产业化模式带动更多的渔农群众户发展鱼菜共生。新型水培蔬菜种植在商言商，要让鱼菜共生这一生态综合种养模式到处落地生根、开花结果，就需要政府尤其是渔业主管部门、水产技术推广机构，按照一主多元模式，水培蔬菜种植系统将科研单位、大专院校、行业协会、专业合作经济组织的力量聚焦在渔业产业化龙头上，同时吸引社会力量参与该模式的推广。

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氮素主要以硝酸盐的形式供应给水培植物，通过细菌硝化作用从鱼类废物的氨转化而来。 其他一些营养物质溶解在鱼废弃物中的水中，但大多数营养物质仍处于植物无法获得的固态。 固体鱼废物被异养细菌分解; 这一行动将必需的营养物质释放到水中。 新型水培蔬菜种植确保植物不遭受缺陷的好方法是保持好的水体pH值（6-7）并为鱼类提供平衡和完整的食物，并利用饲料比率来平衡鱼类对植物的摄食量。水培蔬菜种植系统然而，随着时间的推移，即使是平衡的水培养系统也可能缺乏某些营养素，常见的是铁钾或钙。这些营养素的缺乏是鱼饲料成分的结果。