鱼菜共生有三种不同的养殖模式：深水养殖（DWC），营养膜技术（NFT）和培养基床。在DWC系统中，将农作物种植在漂浮在富含营养的水之上的泡沫筏中，并在固体废物到达植物之前将其过滤掉。新型鱼菜共生使用NFT，缓慢移动的水会汇入狭窄的通道，然后循环回到鱼缸。过滤设备用于清理生物废物中的水，然后将其再循环。鱼菜共生厂家DWC和NFT通常在商业环境中使用。培养基床只是装满多孔岩石（通常是粘土颗粒）的容器，鱼缸中的水被泵入容器中。可以连续抽水，也可以通过注满水和排干容器来抽水。泄洪方法（也称为潮起潮落）易于维护。

氮素主要以硝酸盐的形式供应给水培植物，通过细菌硝化作用从鱼类废物的氨转化而来。 其他一些营养物质溶解在鱼废弃物中的水中，但大多数营养物质仍处于植物无法获得的固态。 固体鱼废物被异养细菌分解; 这一行动将必需的营养物质释放到水中。 新型鱼菜共生确保植物不遭受缺陷的好方法是保持好的水体pH值（6-7）并为鱼类提供平衡和完整的食物，并利用饲料比率来平衡鱼类对植物的摄食量。鱼菜共生厂家然而，随着时间的推移，即使是平衡的水培养系统也可能缺乏某些营养素，常见的是铁钾或钙。这些营养素的缺乏是鱼饲料成分的结果。

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