要想自己的鱼菜共生蓬勃发展，请遵循以下三个规则：不要忽视虫子，保持鱼缸健康，保持高质量的水。尽管水培作物不太可能遭受害虫侵害，但它们对于蚜虫，红蜘蛛和苍蝇是一个例外，有的种植户还专门从苗圃购买幼苗。在某些情况下，有害昆虫甚至可以作为额外蛋白质的来源直接喂给鱼。新型智能植物工厂也有各种各样的有机和化学喷雾剂，它们也可以消除鱼菜共生系统中的有害虫子。炎热的夏季会导致水温飙升，失去pH值并可能危害鱼类。空调或风扇可以帮助维持鱼类所需的温度。智能植物工厂系统水生植物种植者还须平衡鱼与植物的比例，因为太多的鱼会导致鱼和植物活不下去。其次，鱼缸应始终易于取用。养殖者通常在鱼缸顶部安装生长床以节省空间，但这会使观察鱼缸内部的状况，换水和捕捞鱼变得困难。确保鱼缸和生长通道的布局合理，便于定期观察鱼并与鱼互动。

国内专注鱼菜共生领域的农业公司还不多。很多农场只是把鱼菜共生作为三产概念引入农场，并没有实际采用鱼菜共生技术进行大规模栽培和向市场供应蔬菜和水产。新型智能植物工厂耕作体系模式:1、闭锁循环模式:养殖池排放的水经由硝化床微生物处理后，以循环的方式进入蔬菜栽培系统，经由蔬菜根系的生物吸收过滤后，又把处理后的废水返回至养殖池，形成一个闭路循环。智能植物工厂系统2、开环模式:由养殖池排放的废水作为一次性灌溉用水直接供应蔬菜种植系统而不形成返还回流，每次只对养殖池补充新水。在水源充足的地方可以采用该模式。

目前，一般高密度产业化水产养殖，主要依靠物理与化学净化水质的方法，但设备与运作的成本较高，难以让普通业主所接受，存在的养殖成本高，市场竞争力弱的问题，而引进植物与微生物参予系统共建时，就可以发挥微生物的强大分解能力来处理分解水中的有机物及转化对鱼生存影响较大的氨氮，新型智能植物工厂可以啟动植物庞大的根系表面积来吸收吸附分解后可利用吸收的矿物质，从而达到水中残留物及有害物的及时转化与生物净化，智能植物工厂系统为鱼的高密度养殖提供可循环利用的水资源，达到节水节能节料的目的。

作为养殖渔业，该模式被许多渔业产业化龙头企业运用。按照国家制定的有关标准和要求，该模式生产的出来的水产品大都属于绿色水产品和有机蔬菜，它突出的是产品品质和特性，都是地理标志产品特点，是水产品中的珍品，获得消费者青睐，而且还能给生产者带来大的回报。新型智能植物工厂该类企业实施的品牌发展战略，它按照公司+渔农户这一产业化模式组织生产，为辐射带动更多的渔农户发展鱼菜共生，它们先在其养殖基地办点示范，诸如优选场地，智能植物工厂系统营造生产设施，优选养殖鱼类和栽培蔬菜品种，制定养殖技术标准和生产流程，在经济效益导向下，许多渔农户也尝试运用该模式发展渔业和蔬菜生产。目前，该类模式占60%。