鱼菜共生有三种不同的养殖模式：深水养殖（DWC），营养膜技术（NFT）和培养基床。在DWC系统中，将农作物种植在漂浮在富含营养的水之上的泡沫筏中，并在固体废物到达植物之前将其过滤掉。新型植物工厂使用NFT，缓慢移动的水会汇入狭窄的通道，然后循环回到鱼缸。过滤设备用于清理生物废物中的水，然后将其再循环。植物工厂系统DWC和NFT通常在商业环境中使用。培养基床只是装满多孔岩石（通常是粘土颗粒）的容器，鱼缸中的水被泵入容器中。可以连续抽水，也可以通过注满水和排干容器来抽水。泄洪方法（也称为潮起潮落）易于维护。

鱼菜共生系统的初学者，一般难以控制水的质量，养鱼容易死，因为很多鱼菜共生的初学者不懂分辨鱼菜系统的各种参数，而根据不同参数饲养不同的鱼似乎也很难。因此，我们建议，鱼菜系统初学者可以饲养红色罗非鱼。新型植物工厂其体色纯红，型似真鲷，体腔无黑膜，肉质鲜嫩，且生长快，产量高，效益好。红色罗非鱼对盐度和温度的适应范围广。植物工厂系统除了可以食用外，由于其体色鲜艳，也很具观赏性。养殖不需要太多的技巧，特别是在夏天，鱼菜系统放置于阳台或楼顶，水温容易升高，红色罗非鱼耐高温，耐低氧。

光伏历来被认为是众多新能源种类中具前景的能源利用形式之一，随着我国光伏应用市场不断扩大，对光伏的利用模式不断创新，光伏+农业无疑是我国在光伏应用领域的又一新突破，并成为光伏领域新的投资热点。新型植物工厂随着节能减排的提出，到现代农业的发展，光伏智能温室大棚建设成为农业的重头戏。智能温室建设是集太阳能光伏发电、智能温控系统、现代高科技种植为一体的温室大棚。植物工厂系统温室主体采用钢制骨架，顶部覆盖太阳能光伏组件，能同时满足太阳能光伏发电和温室内部农作物的采光需求。太阳能光伏所发电量，可用于温室灌溉系统，可以对植物进行补光，也可以解决温室大棚冬季供暖需求。不仅能有效降低用电成本，还能提高温室运行效率。

作为养殖渔业，该模式被许多渔业产业化龙头企业运用。按照国家制定的有关标准和要求，该模式生产的出来的水产品大都属于绿色水产品和有机蔬菜，它突出的是产品品质和特性，都是地理标志产品特点，是水产品中的珍品，获得消费者青睐，而且还能给生产者带来大的回报。新型植物工厂该类企业实施的品牌发展战略，它按照公司+渔农户这一产业化模式组织生产，为辐射带动更多的渔农户发展鱼菜共生，它们先在其养殖基地办点示范，诸如优选场地，植物工厂系统营造生产设施，优选养殖鱼类和栽培蔬菜品种，制定养殖技术标准和生产流程，在经济效益导向下，许多渔农户也尝试运用该模式发展渔业和蔬菜生产。目前，该类模式占60%。

具有三类依次递进的表现形式。首先是立体混养，即在池塘一类养殖水体中开展鱼虾、鱼虾蟹，鱼鳖混养，该技术模式能够充分运用残饲，降解、分解粪便，防控疫病。新型植物工厂其次是生态养殖，即在大、中型水域中投放苗种或者亚成体，如山塘、水库、湖泊等大水域养鱼和大面积的浅海滩涂养殖虾蟹、贝藻类，例如大水面增养殖和鱼塭养殖等。植物工厂系统再次是综合种养，水产养殖动物，或者一造种植，一造养殖，实施轮作；鱼菜共生，即在水面上种植蔬菜，水体中养鱼。其中鱼菜共生在该类型模式中的地位、作用和影响力可见一斑，是一个值得大力推广的模式。

蔬菜根系未与土壤相接触。而且采用智能化调控温、光、水和二氧化碳，设置隔离带防止病虫侵入，能避免土壤连作障碍、天气灾害和病虫害，新型植物工厂也无重金属污染，无需打农药，保证了蔬菜品质和清洁卫生，不用洗就可随摘随吃，并能做到全天候生产，每日播种和每日收获，这样做能很好地解决蔬菜淡季供应的问题。植物工厂系统由于蔬菜“种”在水里，自动供给营养，省去了耕地、施肥、除草的人工成本，“这在目前人工成本较高的地区有优势。”内业人士指出，“水培对环境和营养的可控性高，可实现高产高质。”