关于鱼菜共生的一个普遍误解是它是一个完整的生态系统。尽管它具有高度可持续性，但大多数商业鱼菜共生系统都需要补充营养才能成功。鼓励种植者在其水源中补充螯合的铁，碳酸钙或碳酸钾和一些微量营养素，以控制pH值。新型水培蔬菜大棚此外，鱼会产生大量的氨，当氨含量过高时，氨会致命。每周使用测试套件检查氨水平，以确保水中的氨含量低而硝酸盐含量高。水培蔬菜大棚厂家水箱中过量的氨应稀释，除去或转化。然后，养殖者应力争保持高水平的溶解氧以避免生病的鱼。氧气罐和气泵将保持溶解氧水平升高并防止海湾出没。

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