鱼菜共生的基本原理是水产养殖的水经过初步过滤后，被输送到植物栽培系统，由栽培系统中的硝化细菌将水中的氨氮分解及亚硝酸盐分解成硝酸盐，硝酸盐可以直接被植物作为营养吸收利用。新型智能温室大棚而植物根系又有很强的吸收和过滤能力，水流过植物栽培系统后就相当于经过了净化，再流回水产养殖系统，这样形成一个共生的循环，只用向水产养殖系统定期定量投放饲料，智能温室大棚系统定期补充蒸发消耗的水分，整改系统就能长期稳定的运行下去，从而实现“种菜不施肥，养鱼不换水”，种养健康无公害。

鱼菜共生有三种不同的养殖模式：深水养殖（DWC），营养膜技术（NFT）和培养基床。在DWC系统中，将农作物种植在漂浮在富含营养的水之上的泡沫筏中，并在固体废物到达植物之前将其过滤掉。新型智能温室大棚使用NFT，缓慢移动的水会汇入狭窄的通道，然后循环回到鱼缸。过滤设备用于清理生物废物中的水，然后将其再循环。智能温室大棚系统DWC和NFT通常在商业环境中使用。培养基床只是装满多孔岩石（通常是粘土颗粒）的容器，鱼缸中的水被泵入容器中。可以连续抽水，也可以通过注满水和排干容器来抽水。泄洪方法（也称为潮起潮落）易于维护。

作为养殖渔业，该模式被许多渔业产业化龙头企业运用。按照国家制定的有关标准和要求，该模式生产的出来的水产品大都属于绿色水产品和有机蔬菜，它突出的是产品品质和特性，都是地理标志产品特点，是水产品中的珍品，获得消费者青睐，而且还能给生产者带来大的回报。新型智能温室大棚该类企业实施的品牌发展战略，它按照公司+渔农户这一产业化模式组织生产，为辐射带动更多的渔农户发展鱼菜共生，它们先在其养殖基地办点示范，诸如优选场地，智能温室大棚系统营造生产设施，优选养殖鱼类和栽培蔬菜品种，制定养殖技术标准和生产流程，在经济效益导向下，许多渔农户也尝试运用该模式发展渔业和蔬菜生产。目前，该类模式占60%。

它有别于传统的水产养殖，不存在水污染，所以不需要经常大范围地换水。系统本身是一个闭环的生产系统，系统中的水除了蒸发之外，不存在别的耗损情况。又因为水在整个系统中形成了自循环，不需要一直更换水，水的利用率达到了 90%以上。新型智能温室大棚养鱼池在大棚中，白天水池可以蓄积来自太阳光的能量，晚间释放出来。所以，鱼菜共生大棚中，白天比普通大棚凉爽，晚上又比普通大棚温暖，形成了一个微型的海洋性气候，节约大量加温大棚所需的能源，节约了大量电力消耗。智能温室大棚系统鱼菜共生系统的建立，可以大大缓解用地困境，因为整个的生产过程对土地的依赖非常小，不需要占用过多的土地，节约用地，同时，也可以避免很多的土生病。因此，鱼菜共生系统是一个节水、节电和节约土地的生产系统。