鱼菜共生有三种不同的养殖模式：深水养殖（DWC），营养膜技术（NFT）和培养基床。在DWC系统中，将农作物种植在漂浮在富含营养的水之上的泡沫筏中，并在固体废物到达植物之前将其过滤掉。新型循环水水处理使用NFT，缓慢移动的水会汇入狭窄的通道，然后循环回到鱼缸。过滤设备用于清理生物废物中的水，然后将其再循环。循环水水处理技术DWC和NFT通常在商业环境中使用。培养基床只是装满多孔岩石（通常是粘土颗粒）的容器，鱼缸中的水被泵入容器中。可以连续抽水，也可以通过注满水和排干容器来抽水。泄洪方法（也称为潮起潮落）易于维护。

要想自己的鱼菜共生蓬勃发展，请遵循以下三个规则：不要忽视虫子，保持鱼缸健康，保持高质量的水。尽管水培作物不太可能遭受害虫侵害，但它们对于蚜虫，红蜘蛛和苍蝇是一个例外，有的种植户还专门从苗圃购买幼苗。在某些情况下，有害昆虫甚至可以作为额外蛋白质的来源直接喂给鱼。新型循环水水处理也有各种各样的有机和化学喷雾剂，它们也可以消除鱼菜共生系统中的有害虫子。炎热的夏季会导致水温飙升，失去pH值并可能危害鱼类。空调或风扇可以帮助维持鱼类所需的温度。循环水水处理技术水生植物种植者还须平衡鱼与植物的比例，因为太多的鱼会导致鱼和植物活不下去。其次，鱼缸应始终易于取用。养殖者通常在鱼缸顶部安装生长床以节省空间，但这会使观察鱼缸内部的状况，换水和捕捞鱼变得困难。确保鱼缸和生长通道的布局合理，便于定期观察鱼并与鱼互动。

关于鱼菜共生的一个普遍误解是它是一个完整的生态系统。尽管它具有高度可持续性，但大多数商业鱼菜共生系统都需要补充营养才能成功。鼓励种植者在其水源中补充螯合的铁，碳酸钙或碳酸钾和一些微量营养素，以控制pH值。新型循环水水处理此外，鱼会产生大量的氨，当氨含量过高时，氨会致命。每周使用测试套件检查氨水平，以确保水中的氨含量低而硝酸盐含量高。循环水水处理技术水箱中过量的氨应稀释，除去或转化。然后，养殖者应力争保持高水平的溶解氧以避免生病的鱼。氧气罐和气泵将保持溶解氧水平升高并防止海湾出没。

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