以种植型养殖模式为例，它是原始的水产养殖模式，即耕塘牧鱼，当下，在渔业诸多模式中，该技术模式依然具有强大的生命力。人们在渔业生产实践发现水土尤其是像江河湖泊、浅海滩涂之类的水面、水域和水体具有强的基础生产力，即在光热气的负荷和水土植被承载下，同一水体不同养殖生物之间存在一些的共生互补关系，新型智能植物工厂主要是食性，在养殖空间和区域内，通过相应的技术和管理措施，使不同生物在同一环境种共同生长，这就是原始的水产养殖模式，同时也是种植型养殖模式，即天生地养的原生态养殖模式。智能植物工厂技术该技术模式不但能优化改良养殖场地生态环境，保持水土生态平衡，环保、健康，资源可持续利用，而且产品品质特别、优良，能大幅度提高水产养殖的社会经济效益。

鱼菜共生有三种不同的养殖模式：深水养殖（DWC），营养膜技术（NFT）和培养基床。在DWC系统中，将农作物种植在漂浮在富含营养的水之上的泡沫筏中，并在固体废物到达植物之前将其过滤掉。新型智能植物工厂使用NFT，缓慢移动的水会汇入狭窄的通道，然后循环回到鱼缸。过滤设备用于清理生物废物中的水，然后将其再循环。智能植物工厂技术DWC和NFT通常在商业环境中使用。培养基床只是装满多孔岩石（通常是粘土颗粒）的容器，鱼缸中的水被泵入容器中。可以连续抽水，也可以通过注满水和排干容器来抽水。泄洪方法（也称为潮起潮落）易于维护。

具有三类依次递进的表现形式。首先是立体混养，即在池塘一类养殖水体中开展鱼虾、鱼虾蟹，鱼鳖混养，该技术模式能够充分运用残饲，降解、分解粪便，防控疫病。新型智能植物工厂其次是生态养殖，即在大、中型水域中投放苗种或者亚成体，如山塘、水库、湖泊等大水域养鱼和大面积的浅海滩涂养殖虾蟹、贝藻类，例如大水面增养殖和鱼塭养殖等。智能植物工厂技术再次是综合种养，水产养殖动物，或者一造种植，一造养殖，实施轮作；鱼菜共生，即在水面上种植蔬菜，水体中养鱼。其中鱼菜共生在该类型模式中的地位、作用和影响力可见一斑，是一个值得大力推广的模式。

氮素主要以硝酸盐的形式供应给水培植物，通过细菌硝化作用从鱼类废物的氨转化而来。 其他一些营养物质溶解在鱼废弃物中的水中，但大多数营养物质仍处于植物无法获得的固态。 固体鱼废物被异养细菌分解; 这一行动将必需的营养物质释放到水中。 新型智能植物工厂确保植物不遭受缺陷的好方法是保持好的水体pH值（6-7）并为鱼类提供平衡和完整的食物，并利用饲料比率来平衡鱼类对植物的摄食量。智能植物工厂技术然而，随着时间的推移，即使是平衡的水培养系统也可能缺乏某些营养素，常见的是铁钾或钙。这些营养素的缺乏是鱼饲料成分的结果。