鱼菜共生系统中鱼与菜适合的比例是该系统成功运行的关键。鱼的排泄物与蔬菜的栽种比例?微生物种类的培育及水质净化的生态效果?这些是三者间共生关系的前提，也是系统核心的基础。

目前，一般高密度产业化水产养殖，主要依靠物理与化学净化水质的方法，但设备与运作的成本较高，难以让普通业主所接受，存在的养殖成本高，市场竞争力弱的问题，而引进植物与微生物参予系统共建时，就可以发挥微生物的强大分解能力来处理分解水中的有机物及转化对鱼生存影响较大的氨氮，可以啟动植物庞大的根系表面积来吸收吸附分解后可利用吸收的矿物质，从而达到水中残留物及有害物的及时转化与生物净化，為鱼的高密度养殖提供可循环利用的水资源，达到节水节能节料的目的。

按照一立方水体配置14平方米的蔬菜种植面积来规划种养比例及布局，也就是一个1立方米的养殖桶每天产生的排泄物就需要14平方米的蔬菜来净化吸收，来达到净化与平衡之目的，这个比例是通过实践证明的比较科学的比例。通常生产上构建时，可建直径3.5米、高1米约10-12立方水量的圆桶作养殖池，再同时配建140平方米的水培蔬菜床或70平方米的气雾栽培塔，两者布局一般以联体建设更利於管道的佈设操作与生产管理，另外，为了让微生物的繁殖有更佳的场所，通常在140平方的栽培面积中，留出1/10-1/5的砾质培硝化床，所谓砾质培硝化床，就是采用豌豆粒大小的石砾铺床面作基质，也可用陶粒作基质来建立硝化床，硝化床的作用是起到过滤颗粒状的鱼饲废残及为硝化菌等有益菌的繁衍创造场所，达到有机物与氨氮的一级过滤与转化，可以把氨氮转化為对鱼生存影响较小的硝态氮，对养殖水的净化来说是很重要的生物化学净化法。