氮素主要以硝酸盐的形式供应给水培植物，通过细菌硝化作用从鱼类废物的氨转化而来。其他一些营养物质溶解在鱼废弃物中的水中，但大多数营养物质仍处于植物无法获得的固态。固体鱼废物被异养细菌分解;这一行动将必需的营养物质释放到水中。确保植物不遭受缺陷的好方法是保持好的水体pH值（6-7）并为鱼类提供平衡和完整的食物，并利用饲料比率来平衡鱼类对植物的摄食量。然而，随着时间的推移，即使是平衡的鱼菜共生系统也可能缺乏某些营养素，常见的是铁钾或钙。

这些营养素的缺乏是鱼饲料成分的结果。鱼饲料颗粒是鱼类的完整食物，这意味着它们提供鱼类生长所需的所有，但不是植物生长所需的所有。鱼根本不需要植物需要的相同数量的铁，钾和钙。因此，这些营养素可能会出现缺陷。这对于植物生产可能会有问题，但有解决方案可以确保这三个要素的合适数量。

一般来说，铁在水培养体系中经常作为螯合铁添加，以达到约2mg/L的浓度。当将水缓冲到正确的pH值时，添加钙和钾，因为硝化是酸化过程。它们以氢氧化钙或氢氧化钾的形式添加，或以碳酸钙和碳酸钾的形式添加（详见第3章）。缓冲液的选择可以根据栽培的植物类型来选择，因为叶菜类蔬菜可能需要更多的钙，结果植物更多的钾。此外，第9章讨论了如何从堆肥生产简单的有机肥料作为鱼类废物的补充，确保植物始终接受适量的营养物质。